¿Qué hay detrás de nuestro COVID?

UC Davis está "pasando la prueba COVID con gran éxito", dijo Stephanie Ruhle de MSNBC, usando un juego de palabras al concluir una entrevista reciente con el profesor Brad Pollock, decano asociado de ciencias de la salud pública, sobre el programa de pruebas COVID-19 de la universidad.

El programa de pruebas de saliva comenzó el 14 de septiembre cuando los estudiantes comenzaron a mudarse a las viviendas del campus durante el trimestre de otoño y posteriormente se expandió para servir a la comunidad a través de Healthy Davis Together.

A principios de este mes, el Centro del Genoma de UC Davis analizó la muestra de saliva número 100.000. Aquí echamos un vistazo a lo que hay detrás de la prueba y cómo se unió.

Las máquinas PCR cuantitativas de alto rendimiento IntelliQube, que utilizan tecnología de "cinta de matriz", son clave para el programa de prueba. En lugar de tubos de muestra o placas con pozos, las máquinas analizan cintas impresas con miles de pequeños pozos, cada uno de los cuales puede llevar a cabo una reacción de PCR.

Desarrolladas originalmente para su uso en genética agrícola, las máquinas de cinta de matriz pueden ejecutar miles de pruebas de PCR al día, muchas más que las máquinas construidas específicamente para diagnósticos médicos.

El profesor de ciencias vegetales Richard Michelmore, director del Genome Center, y su equipo desarrollaron el programa de prueba y lo propusieron al campus. La financiación llegó hasta el 4 de agosto, poco más de un mes antes de que llegaran los estudiantes. "Esto desencadenó una tremenda movilización en todo el campus", dijo Michelmore.

Realizar la prueba implica la simple cuestión de escupir en un tubo y los resultados generalmente se obtienen dentro de uno o dos días. La prueba es para personas que no tienen síntomas de COVID-19: los estudiantes con síntomas deben acudir a los Servicios de Salud y Consejería para Estudiantes, mientras que otros deben acudir a sus proveedores de atención médica.

La prueba requiere hacer una cita, en un proceso en línea que produce un código de barras individualizado, que, a su llegada para la prueba, se compara con un código de barras en su tubo de muestra. Tome un sorbo de agua, gotee de nuevo en el tubo, tápelo y listo.

Los tubos con código de barras desidentificados se llevan al Genome Center, donde las muestras se tratan térmicamente para inactivar cualquier virus. Las partículas del virus SARS-CoV2 sobreviven bien en la saliva, anotó Michelmore.

Luego, las muestras se tratan con papaína proteasa (también conocida como ablandador de carne) para reducir la viscosidad de la saliva y se transfieren a placas de plástico de 384 pocillos, luego se transfieren automáticamente a la cinta. La reacción dura aproximadamente una hora y media; cada IntelliQube puede ejecutar alrededor de 6000 pruebas en un día de 12 horas. Los resultados se analizan con el software UgenTech FastFinder basado en la nube.

La prueba PCR está adaptada de los protocolos aprobados por la Administración de Alimentos y Medicamentos. El laboratorio está aprobado por CLIA como una extensión del laboratorio del Centro de Salud Estudiantil de UC Davis.

La prueba puede detectar tan solo 15 copias del virus en un microlitro de saliva, por debajo del umbral de lo que probablemente sea un individuo infeccioso. Inicialmente, las pruebas de saliva se compararon con hisopos nasales tomados al mismo tiempo y procesados ​​en un laboratorio comercial, pero esto se interrumpió una vez que se confirmó la precisión de la prueba de saliva.

Dos equipos separados de personal técnico, dirigidos por el gerente de DNA Technology Core, Lutz Froenicke, trabajan para ejecutar las pruebas en diferentes días con un equipo de reserva como respaldo.

Michelmore acreditó un "esfuerzo masivo en todo el campus" para poner en marcha el programa de pruebas, incluido Ralph Greene del Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio de UC Davis, Cindy Schorzmann, directora médica de Servicios de Consejería y Salud Estudiantil, y Sheri Belafsky de la UC Programa de Vigilancia Médica de Davis, y muchos, muchos otros que han trabajado para levantar y operar los quioscos de prueba, adquirir máquinas y equipos, ejecutar pruebas y analizar e informar los resultados.

Si bien Michelmore ha recibido muchas consultas de otras universidades y empresas, señaló que actualmente no planean expandir las pruebas más allá de UC Davis, Davis, otras ubicaciones en el condado de Yolo y UC Merced debido a la capacidad finita. Sin embargo, señaló que ninguno de los protocolos y flujos de trabajo están patentados y podrían ser replicados por otros.

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